Modèle rmn

Étant donné que les structures protéiques sont des modèles expérimentaux qui peuvent contenir des erreurs, il est très important de pouvoir détecter ces erreurs. Le processus visant à la détection des erreurs est connu sous le nom de validation. Il existe plusieurs méthodes pour valider les structures, certaines sont statistiques comme PROCHECK et WHAT IF tandis que d`autres sont basées sur des principes physiques comme CheShift, ou un mélange de statistiques et de principes de physique PSVS. Afin d`afficher les modèles individuels, cliquez sur JSmol ou Jmol_S (coin inférieur droit en dessous de la molécule) pour ouvrir le menu de Jmol. Là, utilisez l`élément tous les modèles N (où N est le nombre total de modèles dans l`ensemble). Par exemple, en cliquant sur 1,1:1 affichera uniquement le modèle 1, et le menu dira maintenant le modèle 1/N. Vous pouvez également utiliser le menu de Jmol pour modifier le rendu et la coloration. Les données primaires produites par l`analyse RMN sont principalement locales et plus récemment des informations géométriques globales sur les atomes au sein de la structure. Typiquement, ceux-ci incluent la distance entre les paires d`atomes, les angles diédriques (typiquement des angles de φ de dorsale et certains angles de χ1 de chaîne latérale) et parfois des informations globales telles que l`orientation d`une liaison donnée par rapport à un axe fixe de la molécule. Ces données sont utilisées comme «restrictions» pour reconstruire des modèles 3D compatibles avec les données de la RMN. Tous les calculs sont effectués directement dans l`espace physique, en commençant par une conformation aléatoire de la macromolécule, qui est progressivement pliée pour satisfaire les contraintes. Typiquement, plusieurs exécutions sont exécutées, à partir de différentes conformations initiales, afin de vérifier que le calcul converge sur une solution unique. Le résultat est donc un ensemble de modèles dont la distribution donne une mesure de la précision de la structure RMN.

Ici, nous prolongeons nos précédentes études préalables caractérisant l`interaction PrgI-SIDP en utilisant une forme tronquée de SIDP dépourvue de l`épingle à cheveux α-hélicoïdale. Contrairement aux résultats de la cristallographie de la protéine de fusion PrgI-SipDt dans laquelle les packs PrgI se trouvent sur une surface contiguë de la bobine enroulée du SIDP [18], nos résultats préliminaires suggèrent qu`il existe plusieurs surfaces de fixation PrgI sur la bobine enroulée du SIDP. Sur la base de nos résultats PRE, nous proposons un modèle de SIDP amarré sur la pointe de l`aiguille sans pour conséquence le choc sterique de la SIDP. Le nombre de modèles de RMN publiés dépend de l`expérience et est à la charge des auteurs, et varie entre 2 (par exemple 1cvo) et plus de 100. Le nombre médian de modèles est de 20. (Vous pouvez rechercher des entrées avec un nombre ou une plage de modèles spécifiés à l`aide de l`OCA). Le premier modèle de l`ensemble n`a pas de signification particulière (voir le modèle le plus représentatif).

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